MySQL, Web yazılımcılarının ihtiyaç duydukları birçok yeteneği bünyesinde barındırmaktadır. Web uygulamalarında veritabanına gönderilen sorgular, genelde veritabanı tarafından çabuk cevaplanabilen az sayıda kayıt döndüren sorgulardır. web yazılım dillerinde veritabanına sorgu gönderilirken veritabanı uygulamasına bağlanılır ve yazılımın çalışması bitince veritabanı bağlantısı otomatik olarak kapatılır. Her gün yüz binlerce sayfa oluşturan Web sunucularında, eğer Web sunucusu sayfaları veritabanı üzerinden sunuyorsa, bu bağlanma ve sonunda bağlantının kapatılması işlemleri büyük performans kayıplarına yol açar. Veritabanıyla yazılım arasında kurulan bağlantının yazılım bittikten sonra kapatılmadan kalması ve daha sonra çağırılan uygulamalar tarafından kullanılabilmesi, büyük performans artışı sağlar. MySQLle PHP, persistent connection (kalıcı bağlantı) adı verilen yöntemle PHP uygulamalarının MySQL bağlantılarım hep açık tutarak kullanabilecekleri bir modelde kullanılabilir. MySQLin PHPyle bu şekilde kullanılabilmesi için, kullanılacak Apache Web sunucusunun da buna göre düzenlenmiş olması gerekir. Kurulum bölümünde anlatılan PHP Modül kurulumu tercih edildiyse,  Apache ve PHP, MySQL kalıcı bağlantısı için gerekli olan tek bir uygulama gibi çalışacaklardır. PHP uygulamalarında kalıcı bağlantı için yapılması gereken tek değişiklik veritabanına bağlantı komutu olan mysql_connect() satırındaki değişikliktir.

mysql_connect("localhost","root","sifre");

satırı yerine

mysql_pconnect("localhost","root","sifre");

yazılarak, PHP uygulamasına daha performanslı olan kalıcı bağlantı yöntemim kullanması gerektiği bildirilir. PHPnin MySQLle kurabileceği en fazla kalıcı bağlantı sayışı ve bazı diğer özellikler, kurulum bölümünde anlatılan php.ini dosyası ayarlamalarıyla yapılmaktadır. PHPnin MySQLle kalıcı bağlantı yöntemiyle çalışıp çalışmadığı

phpinfo() ;

komutu yardımıyla tarayıcıda görülen bilgiler arasında MySQL başlığı altından izlenebilir. Bu bilgiler arasında o anda aktif olan kalıcı bağlantı sayışı da yer almaktadır.